Echo之生生不息

V1

2022/12/24阅读:16主题:默认主题

文献解读

  • Degenerative and regenerative pathways underlying Duchenne muscular dystrophy revealed by single-nucleus RNA sequencing

  • 简介

  • 实验设计

    • 构建 ΔEx51 Dmd 小鼠
  • 首先

    • 4周龄ΔEx51 和WT 小鼠 TA 肌肉的scRNA-seq profiles

      • UMAP可视化(Clusters IIa, IIx, IIb, IIx_b, NMJ, MTJ, MuSC, Myob, RegMyon, SMC, EC, FAP, TC, MPH)

        • ΔEx51 和WT TA 肌核(11,222)

          • WT TA muscle (7,013)

          • ΔEx51 TA muscle (4,209)

      • Violin plots 细胞簇选定标记基因表达

      • Heat map 细胞簇标记基因平均表达

  • 接着

    • 与WT 肌核比,ΔEx51 肌核中基因表达变化

      • ΔEx51 肌核不同簇上下调基因变化(Clusters IIa, IIx, IIb, IIx_b, NMJ, MTJ)

      • ΔEx51 肌核不同簇GO功能富集上调基因

      • WT和ΔEx51 肌核蛋白质泛素化

      • WT和ΔEx51 肌核凋亡基因选定标记基因的差异表达

  • 然后

    • ΔEx51 和WT肌核中基因动态表达分析

      • ΔEx51 和WT TA 肌肉参与骨骼肌再生的簇占比及伪时间排序

        • MuSC簇

        • Myob簇

        • RegMyon簇

          • 此簇中Myh3, Myh8, and Mymk表达 UMAP可视化

          • 选定基因的表达(参与调控细胞骨架组织或编码转录因子)在 Cluster RegMyon 的细胞核中高度表达

          • 由 iRegulon 从 Cluster RegMyon 标记基因的启动子区域鉴定的转录因子结合域的富集

分类:

阅读

标签:

阅读

作者介绍

Echo之生生不息
V1