文献解读

Degenerative and regenerative pathways underlying Duchenne muscular dystrophy revealed by single-nucleus RNA sequencing

简介

• 发表杂志：PNAS，November 4, 2020

• https://doi.org/10.1073/pnas.2018391117

实验设计

• 构建 ΔEx51 Dmd 小鼠

首先

• 4周龄ΔEx51 和WT 小鼠 TA 肌肉的scRNA-seq profiles

  • UMAP可视化(Clusters IIa, IIx, IIb, IIx_b, NMJ, MTJ, MuSC, Myob, RegMyon, SMC, EC, FAP, TC, MPH)

    • ΔEx51 和WT TA 肌核（11,222)

      • WT TA muscle (7,013)

      • ΔEx51 TA muscle (4,209)

  • Violin plots 细胞簇选定标记基因表达

  • Heat map 细胞簇标记基因平均表达

接着

• 与WT 肌核比，ΔEx51 肌核中基因表达变化

  • ΔEx51 肌核不同簇上下调基因变化（Clusters IIa, IIx, IIb, IIx_b, NMJ, MTJ）

  • ΔEx51 肌核不同簇GO功能富集上调基因

  • WT和ΔEx51 肌核蛋白质泛素化

  • WT和ΔEx51 肌核凋亡基因选定标记基因的差异表达

然后

• ΔEx51 和WT肌核中基因动态表达分析

  • ΔEx51 和WT TA 肌肉参与骨骼肌再生的簇占比及伪时间排序

    • MuSC簇

    • Myob簇

    • RegMyon簇

      • 此簇中Myh3, Myh8, and Mymk表达 UMAP可视化

      • 选定基因的表达（参与调控细胞骨架组织或编码转录因子）在 Cluster RegMyon 的细胞核中高度表达

      • 由 iRegulon 从 Cluster RegMyon 标记基因的启动子区域鉴定的转录因子结合域的富集