grosetta

V1

2022/05/14阅读:40主题:山吹

PYMOL插件-PYMOD

PyMod是PyMOL的一款插件,旨在提供给PyMOL一种简单直观的操作界面用来调用各种生物信息学工具。包括Blast序列相似性搜索、序列比对、三维结构分析、同源建模等。

插件及下文用到的示例文件后台回复“pymod”自取

1.使用示例

  • 序列相似性搜索
  • 首先用pymol打开示例文件test.pdb
  • 打开pymod插件,并导入刚刚用pymol打开的test.pdb分子
  • Blast序列相似性搜索(可以本地数据库搜索或在线搜索)
  • 序列比对
  • pymod打开该晶体结构的序列文件(从pdb官网下载而来),该序列文件为sequence.fasta。这里之所以会选择该晶体结构的完整序列,只是为了方便后面的同源建模。根据需求不同,用于比对的序列还可以是通过相似性搜索而来的。
  • 和三维结构的序列进行比对(有多种序列比对算法,根据需求自行选择)
  • 同源建模
  • 我们发现test.pdb结构中有一部分缺失了。如果后续需要进行MD,那么这部分必须要补全。常用方法就是通过Modeller同源建模的方法,该方法不难,但是比可能涉及到软件间的来回切换,实在麻烦。而pymod提供这样一个接口着实是方便了MD前期的结构准备阶段。
  • 开始建模(在建模前确保已经进行了上一步的序列比对)


等待一段时间后,建好的模型就会输出,如下图:

补全序列的模型
补全序列的模型
  • 三维结构分析
  • 绘制拉氏图
  • 绘制Contact map

2.插件安装及配置

  • 安装方法(选择分享文件中名为pymod3.zip的文件)
  • 配置方法。由于该插件仅是提供交互接口的作用,所以其中序列搜索、比对、同源建模等都是依赖第三方程序,这些程序我也一并分享了出来(一个名为windows_pymod_3.0_installer_bundle的文件夹)。按照下面步骤配置好路径:
    首先在pymod插件页面找到,打开如下页面:
    Tools->Options
  • Modeller配置
    Modeller配置比较特殊,它必须和你的pymol安装在同一个python环境中。比如我的pymol安装在Anaconda的base环境下,那么Modeller也必须安装在该环境中:
conda config --add channels salilab
conda install modeller

安装完毕后从pymol进入pymod界面,输入从 官网 注册获得的密钥:

插件及下文用到的示例文件关注公众号: grosetta 后台回复“pymod”自取

扫码关注微信公众号
扫码关注微信公众号

分类:

其他

标签:

其他

作者介绍

grosetta
V1

关注分子对接、分子动力学模拟、蛋白设计