jamesbang

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2022/11/02阅读:23主题:雁栖湖

🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗!?

1写在前面

最近在画热图(heatmap)时,遇到一个问题,就是如果画热图时导入的基因过多,基因名就会重叠在一起,根本没法看,非常影响颜值。😭
这里提供一种基于ComplexHeatmap的解决方案,大家往下看吧。👇

2用到的包

rm(list = ls())
library(tidyverse)
library(circlize)
library(ComplexHeatmap)

3示例数据

这里我们随机生成一个矩阵200行,10列。😘

expr <-  matrix(rnorm(2000), nrow = 200)
rownames(expr) <- paste0("gene", 1:200)
colnames(expr) <- paste0("sample",1:10)

4数据预处理

我们先做个归一化处理,如果你的数据已经做过了,就不用做了。🤗

expr_scaled <- t(scale(t(expr)))

5简单绘图

基因名(行名)全都堆在一起了,根本没法看。😭
当然你可以选择扩大画布,来显示出基因名。🤨

Heatmap(expr_scaled,
row_names_gp = gpar(fontsize = 4),
column_names_gp= gpar(fontsize = 8)
)

6标注基因

6.1 需要标注的基因名

假设我们需要标注gene1,gene10,gene100gene106,以及gene180。👀

gene <- paste0("gene", c(1,1, 10, 100:106, 180))

6.2 提取目的基因位置

这里我们需要找到这些基因原始矩阵的位置。🤒
为了保险起见,我们把对应的基因名也从中提取出来。🤜

genemark <- which(rownames(expr_scaled) %in% gene)

labs <- rownames(expr_scaled)[genemark]

6.3 生成行注释数据

我们把上面搞定的位置和相应文本整理成注释文件,作为行注释。🤨

ha <-  rowAnnotation(
foo = anno_mark(at = genemark,
labels = labs,
labels_gp = gpar(fontsize = 8)
))

6.4 可视化

解决啦! 现在这些基因名就没有再“挤”在一起啦,嘿嘿。

Heatmap(expr_scaled, 
cluster_rows = F,
right_annotation = ha,
show_row_names = F,
row_names_gp = gpar(fontsize = 4)
)

7美化一下

这里换一个我个人常用的配色,并对样本进行聚类注释。🥰

7.1 列聚类注释

class <-  anno_block(
gp = gpar(fill = c("#E64B35E5", "#4DBBD5E5", "#00A087E5", "#3C5488E5"),
col="white"),

height = unit(5, "mm"),

labels = c("Cluster A", "Cluster B", "Cluster C","Cluster D"),

labels_gp = gpar(col = "white", fontsize = 8,fontface="bold")
)

clusters <- HeatmapAnnotation(group = class)

7.2 可视化

哈哈哈哈哈哈哈,美不胜收呀!~🤩
妈妈再也不用担心我的热图注释“挤”在一起啦!!!🤜

Heatmap(expr_scaled, 
## row parameters
cluster_rows = F,
right_annotation = ha,
show_row_names = F,
show_row_dend = F,
row_names_gp = gpar(fontsize = 4),
## column parameters
column_split= 4,
column_title = NULL,
column_names_gp = gpar(fontsize = 8),
top_annotation = clusters,
## color
col = colorRamp2(c(-2,0,2), c("#6395C7", "white", "#E06EAD")),
## legend
name = "Exp",
rect_gp = gpar(col="grey")
)

扇贝
最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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wx🔍: Grassssss 卷起来了