黄思源

V1

2022/11/21阅读:23主题:雁栖湖

文章发表:2022年,4个单细胞样本,13.5分

写这篇博客的时候,我特意在简书翻了翻自己两年半以前发表第一篇文章时的笔记,https://www.jianshu.com/p/41c560b877e8

四年前在深圳实习的点滴,又浮现在脑海。

我公众号的头像,其实是那篇文章的一个figure。当时我主要用Perl,这幅图是用Circos画的,太古早了。

回到这篇文章,和dq的合作还算顺利、愉快。我们能用4个样本,发在领域顶刊,可以说很不容易。投稿过程很折磨人,5个审稿人、来回修了6轮、耗时10个月,也难怪国人文章占比不到0.5%("IF查与投"数据)。这个课题也投入了我过去一年半的主要科研精力,收获很大。剩下的不多的读博日子依然要继续加油!

最开始,dq是因为“公司给的结果没一张图能用”才找到我合作,我们用邮件这种传统的方式传结果,来回50封邮件,课题差不多就结束了。

dq毕业后,来到北京求学,现在博士普遍难申请,希望他能顺利申请到。

当时课题接近尾声的时候,匆匆忙忙学shiny,画了一周时间上线了在线网页,现在看来还是不错。

一个展示页,一个注释页。

入门教程跟的B站生信技能树的"shiny网页工具",课程很不错。


关于这篇文章用到的分析,我的公众号没有分享过的,有以下几个:

  • 单细胞TCR数据分析
  • 单细胞转录因子分析
  • Cellchat细胞互作分析
  • RNA速率分析
  • 基于SNP区分scRNA-seq混测样本
  • 单细胞转录组label transfer

等我有时间可以总结分享出来。

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