jamesbang

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2022/09/21阅读:13主题:雁栖湖

🤒 R包安装教程 | 熟悉的配方但不一样的味道

1写在前面

本期介绍一下R语言基础部分,R包的安装。🧐
大家肯定都觉得很简单,但往往简单的东西会有不一样的解决方案。
See~ See~ 吧!😘

2基础安装

我们最常使用的就是install.packages()函数,来安装CRAN上的R包。
我们可以选择将单个包作为变量传输进入,也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。

2.1 安装单个R包

install.packages("tidyverse")
install.packages("ggstatsplot")
install.packages("ggVennDiagram")

2.2 安装多个R包

install.packages(c("tidyverse", "ggstatsplot", "ggVennDiagram"))

3生物信息R包的安装

我们一些常用的生信R包并没有存在CRAN上,而是存在bioconductor上。☹️
我们一般需要使用BiocManager::install函数来进行安装。👇

3.1 举个栗子🌰

这里我们需要先安装并加载BiocManager,然后进行其他R包的安装。
这里我们用下if (!require())来避免二次安装。
Note! 这里说明一下,还是推荐大家使用if语句来进行R包的安装与加载,在实际应用中要比library好用很多。 👍

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

library(DESeq2)

3.2 Cheatsheet

大家有时候会遇到安装失败的时候,可以直接去bioconductor的官网查询你要安装的R包,它会提示你最新的安装方法,如下图:

4Git上的包

上述的安装方法均是安装的正式版R包,是经过审核的,比较稳定。
而通常一些作者会将尚未通过CRAN或者bioconductor审核的R包,存在githubgitlab等开源网站上,这个时候就需要使用devtools或者remote包。🥳

4.1 举个栗子🌰

# install.packages("devtools")
devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE)
packageVersion("linkET")

4.2 安装特定版本R包

如果你需要安装特定版本的R包,可以这样做。👇
Note!版本越新不一定越好,大家还是尽量遵循非必要不升级的原则吧。

install_version("ggplot2", version = "0.9.1", repos = "http://cran.us.r-project.org")

5批量安装与加载

随着大家用R的时间越来越久,R包也装的越来越多,这个时候分别时候安装过这个R包就显得尤为重要了,通常我们可以使用install.packages函数判断,但过于繁琐。😖
这里介绍2个R包,优雅地进行R包安装吧。

5.1 方法一

方法一:pacman包进行批量安装,自动判断是否安装过,随后进行安装与加载

library(pacman)
pacman::p_load(tidyverse, ggstatsplot, ggVennDiagram)

补充!
p_load # Install & load packages
p_unload # unload packages
p_install # Install Packages from CRAN
p_update # update packages
p_load_gh # Load and Install GitHub Packages
p_install_gh # Install Packages from GitHub
p_install_version # Install Minimum Version of Packages


5.2 方法二

方法二:大家可能还是觉得要区别R包是存在CRANbioconductor还是github上,觉得很麻烦。😏
OK~ 介绍下一个:librarian包。

librarian包无需进行区分R包是来自CRANbioconductor还是github, 直接使用shelf函数即可,非常简单。nice !~ 🤩

library(librarian)
librarian::shelf(ggstatsplot, Hy4m/linkET, limma)

补充!
shelf # Install & load packages
unshelf # unload packages
lib_paths # Viewing and editing library locations
reshelf # detaches and then reattaches packages

6本地安装R包

有时候我们希望下载R包后进行本地安装,可以这样做:

install.packages("local/packages.tar.gz", repos = NULL, type = "source")

最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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