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2022/10/04阅读:57主题:默认主题

R 语言 安装DESeq2,dplyr 包遇到报错的彻底解决方案

一、问题

  • 今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析,在安装DESeq2的时侯,遇到下面的报错: Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包
library(DESeq2)
载入需要的程辑包:GenomicRanges
载入需要的程辑包:GenomeInfoDb
Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
 不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包
Error: 无法载入程辑包‘GenomeInfoDb’
In addition: Warning messages:
1: 程辑包‘DESeq2’是用R版本4.1.1 来建造的 
2: 程辑包‘GenomicRanges’是用R版本4.1.2 来建造的 
3: 程辑包‘GenomeInfoDb’是用R版本4.1.2 来建造的
  • 我现在使用的是笔记本电脑,我的台式电脑安装就没有遇到问题,不知道为什么,于是开始搜索了一下教程,发现大家安装 DESeq2, dplyr 的时侯都会遇到不存在叫 RCurl 这个名字的程辑包的问题。

  • 于是我就按照提示安装RCulr, 并且也尝试了安装GenomeInfoDbGenomicRanges,但是又遇到新的报错如下:

installation of package RCurl had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
 ‘C:\Users\sxl\AppData\Local\Temp\RtmpcJzv5g\downloaded_packages’
Installation paths not writeable, unable to update packages
  path: C:/Program Files/R/R-4.1.0/library
  packages:
    class, cluster, foreign, lattice, MASS, Matrix, mgcv, nlme,
    nnet, rpart, spatial, survival
Warning message:
In install.packages(...) :
  installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status

通过搜索发现了最终的完美的解决办法,就是直接安装二进制 binary 版本的R包。

两行代码解决:

install.packages("XML",type="binary")

install.packages("RCurl",type="binary")

参考文献: R包安装遇到“had non-zero exit status”(二) - 知乎 (zhihu.com)

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