李拖沓

V1

2022/11/17阅读:41主题:嫩青

记录一下安装和配置sratoolkit

下载地址

01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki (github.com)

我下载的Ubuntu版本

![SRA Toolkit下载页面](E:\OneDrive\LSA2\PythonCode\一点笔记\图片\SRA Toolkit下载页面.png)

解压

(9条消息) Ubuntu 常用解压与压缩命令_蕉叉熵的博客-CSDN博客_ubuntu解压缩命令

Ubuntu 常用解压与压缩命令 .tar 文件

仅打包,并非压缩

tar -xvf FileName.tar # 解包 tar -cvf FileName.tar DirName # 将DirName和其下所有文件(夹)打包 1 2 3 .gz文件

.gz

gunzip FileName.gz # 解压1 gzip -d FileName.gz # 解压2 gzip FileName # 压缩,只能压缩文件 1 2 3 4 .tar.gz文件、 .tgz文件

.tar.gz 和 .tgz

tar -zxvf FileName.tar.gz # 解压 tar -zcvf FileName.tar.gz DirName # 将DirName和其下所有文件(夹)压缩 tar -C DesDirName -zxvf FileName.tar.gz # 解压到目标路径 1 2 3 4 .zip文件

感觉.zip占用空间比.tar.gz大

unzip FileName.zip # 解压 zip FileName.zip DirName # 将DirName本身压缩 zip -r FileName.zip DirName # 压缩,递归处理,将指定目录下的所有文件和子目录一并压缩 1 2 3 4 .rar文件

mac和linux并没有自带rar,需要去下载

rar x FileName.rar # 解压 rar a FileName.rar DirName # 压缩 ———————————————— 版权声明:本文为CSDN博主「蕉叉熵」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接:https://blog.csdn.net/songbinxu/article/details/80435665

按照上述操作使用代码

tar -zxvf sratoolkit.3.0.1-ubuntu64.tar.gz

添加到环境变量

解压后会得到一个文件夹,把这个文件夹里的bin添加到PAHT中

PATH="${PATH}:/home/siang/sratoolkit.3.0.1-ubuntu64/bin"

添加环境变量的时候要小心操作,如果把PATH弄乱了就不好了。但是也有修复的方式

(9条消息) linux下环境变量PATH设置错误的补救_铭霏的博客-CSDN博客

使用"echo $PATH"命令就可以查看当前服务器的PATH变量值,在正常的服务器上运行命令并复制输出的结果,然后用"export PATH"命令重新给PATH命令赋值就可以了。命令如下: "export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin" ———————————————— 版权声明:本文为CSDN博主「铭霏」的原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接:https://blog.csdn.net/u012102306/article/details/51036561

# 输入
$ prefetch -h
# 弹出来下面一堆帮助文档说明成功安装了
Usage:
  prefetch [options] <SRA accession> [...]
  Download SRA files and their dependencies

  prefetch [options] --cart <kart file>
  Download cart file

  prefetch [options] <URL> --output-file <FILE>
  Download URL to FILE

  prefetch [options] <URL> [...] --output-directory <DIRECTORY>
  Download URL or URL-s to DIRECTORY

  prefetch [options] <SRA file> [...]
  Check SRA file for missed dependencies and download them


Options:
  -T|--type <value>                Specify file type to download. Default: sra
  -t|--transport <http|fasp|both>  Transport: one of: fasp; http; both
                                   [default]. (fasp only; http only; first try
                                   fasp (ascp), use http if cannot download
                                   using fasp).
  --location <value>               Location of data.

  -N|--min-size <size>             Minimum file size to download in KB
                                   (inclusive).
  -X|--max-size <size>             Maximum file size to download in KB
                                   (exclusive). Default: 20G
  -f|--force <yes|no|all|ALL>      Force object download: one of: no, yes,
                                   all, ALL. no [default]: skip download if the
                                   object if found and complete; yes: download
                                   it even if it is found and is complete; all:
                                   ignore lock files (stale locks or it is
                                   being downloaded by another process use
                                   at your own risk!); ALL: ignore lock files,
                                   restart download from beginning.
  -r|--resume <yes|no>             Resume partial downloads: one of: no, yes
                                   [default].
  -C|--verify <yes|no>             Verify after download: one of: no, yes
                                   [default].
  -p|--progress                    Show progress.
  -H|--heartbeat <value>           Time period in minutes to display download
                                   progress. (0: no progress), default: 1

  --eliminate-quals                Don't download QUALITY column.
  -c|--check-all                   Double-check all refseqs.
  -S|--check-rs <yes|no|smart>     Check for refseqs in downloaded files: one
                                   of: no, yes, smart [default]. Smart: skip
                                   check for large encrypted non-sra files.
  -o|--order <kart|size>           Kart prefetch order when downloading
                                   kart: one of: kart, size. (in kart order, by
                                   file size: smallest first), default: size.
  -R|--rows <rows>                 Kart rows to download (default all). Row
                                   list should be ordered.
  --perm <PATH>                    PATH to jwt cart file.
  --ngc <PATH>                     PATH to ngc file.
  --cart <PATH>                    To read kart file.

  -a|--ascp-path <ascp-binary|private-key-file>  Path to ascp program and
                                   private key file (asperaweb_id_dsa.putty)
  --ascp-options <value>           Arbitrary options to pass to ascp command
                                   line.

  -o|--output-file <FILE>          Write file to FILE when downloading
                                   single file.
  -O|--output-directory <DIRECTORY>  Save files to DIRECTORY/

  -h|--help                        Output brief explanation for the program.
  -V|--version                     Display the version of the program then
                                   quit.
  -L|--log-level <level>           Logging level as number or enum string. One
                                   of (fatal|sys|int|err|warn|info|debug) or
                                   (0-6) Current/default is warn
  -v|--verbose                     Increase the verbosity of the program
                                   status messages. Use multiple times for more
                                   verbosity. Negates quiet.
  -q|--quiet                       Turn off all status messages for the
                                   program. Negated by verbose.
  --option-file <file>             Read more options and parameters from the
                                   file.

prefetch : 3.0.1

使用

参考

SRA Toolkit的使用和安装 - 简书 (jianshu.com)

我这里只是把下好的文件拆分一下。

分类:

后端

标签:

Python

作者介绍

李拖沓
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