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2022/11/04阅读:23主题:雁栖湖

🤩 AnimalTFDB v4.0 | OMG!我最爱的转录因子数据库更新啦!~(附使用指南)(一)

11. 写在前面

本期我们先做个名词解释吧:👇

转录因子Transcription factor, TF)是指能够结合在某个基因上游特异DNA序列上的蛋白质,这些蛋白质能调控其基因转录。😘


我们常用的转录因子数据库有很多,以后我们会专门出一期介绍一下常用的数据库有哪些。 🤗

今天我们介绍一下刚刚更新AnimalTFDB v4.0地址如下:👇

📍 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/?#/

22. AnimalTFDB v4.0 概述

AnimalTFDB一直是我最喜欢的转录因子数据库之一,非常全面,包括183个物种的全基因组转录因子转录辅助因子transcription cofactors)的分类注释

本次更新后,AnimalTFDB共有27万TFs,根据它们的DNA结合域DNA-binding domainDBD)被进一步分为73家族6类别。🤩

同时,还有15万辅助因子被分为82家族6类别。🥳


🌟 检索了一下之前的几个版本, 最早是在2012年发布,到2022年更新到了v4.0,均是发表在Nucleic Acids Res.上,可见一斑啊,请左右滑动查看:👇

v1.0
v2.0
v3.0
v4.0

33. AnimalTFDB v4.0 更新亮点

本次更新的亮点如下:

  • AnimalTFDB 3.0新增86个物种
  • 各种人类癌症和其他疾病TF基因的变异(包括突变
  • 可预测8个物种TF翻译后修饰位点(包括磷酸化乙酰化甲基化泛素化位点)
  • TF自噬中的调节作用
  • 38个物种的全面TF表达注释
  • 精确批量搜索功能

44. AnimalTFDB v4.0 的Workflow

一张图总结AnimalTFDB v4.0Workflow: 👇

Screen Shot 2022-11-02 at 11.58.29
Screen Shot 2022-11-02 at 11.58.29

55. 获取转录因子/辅助因子列表

AnimalTFDB v4.0中,我们可以通过两种方式获取转录因子/辅助因子list,分别是通过TF FamilyTF Species。🔍

5.1 通过TF Family获取List

1️⃣ 首先点击TF Family


2️⃣ 这个时候你就可以按照你的需要以Family为单位选择 转录因子/辅助因子list啦。😂


3️⃣ 举个栗子🌰

这里以RFX为例,选择了RFX后,会跳转至以下界面,包括该TF Family的介绍、在不同物种中的个数。🥳


4️⃣ 接着我们可以选择需要的物种,跳转至该家族的具体信息。🤗


5.2 通过TF Species获取List

1️⃣ 首先点击TF Species。🧐


2️⃣ 点进去以后按照物种选择list吧。🤒


3️⃣ 举个栗子🌰

这里我们以为例,点进去之后可以看到各种TF Family的信息。🤩


4️⃣ 接着选择需要的TF famly,跳转至该家族的具体信息。🤗

TF_bZIP为例,大家可以在这里下载aln格式的序列文件。(如果大家需要处理aln文件的教程欢迎留言,需要的人多会再出教程)📍

66. 下载相关信息

1️⃣ 点击Download后就可以下载你需要的信息啦。🤨


2️⃣ 大家可以按需下载相关文件,下载后是.txt格式的文件,当然序列会是.fasta格式的。😂

我的个人习惯是将常用的数据本地化,存储成.rds的文件,方便操作。🤜



77. 引用数据库😉

🌟 如何引用:👇

Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907


油条
最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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