jamesbang

2022/11/04阅读：35主题：雁栖湖

🤩 AnimalTFDB v4.0 | OMG！我最爱的转录因子数据库更新啦！~（附使用指南）（一）

11. 写在前面

本期我们先做个名词解释吧：👇

转录因子（Transcription factor, TF）是指能够结合在某个基因上游特异DNA序列上的蛋白质，这些蛋白质能调控其基因的转录。😘

我们常用的转录因子数据库有很多，以后我们会专门出一期介绍一下常用的数据库有哪些。 🤗

今天我们介绍一下刚刚更新的AnimalTFDB v4.0，地址如下：👇

📍 http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB4/?#/

22. AnimalTFDB v4.0 概述

AnimalTFDB一直是我最喜欢的转录因子数据库之一，非常全面，包括183个物种的全基因组转录因子和转录辅助因子（transcription cofactors）的分类和注释。

本次更新后，AnimalTFDB共有27万个TFs，根据它们的DNA结合域（DNA-binding domain，DBD）被进一步分为73个家族和6个类别。🤩

同时，还有15万个辅助因子被分为82个家族和6个类别。🥳

🌟 检索了一下之前的几个版本，最早是在2012年发布，到2022年更新到了v4.0，均是发表在Nucleic Acids Res.上，可见一斑啊，请左右滑动查看：👇

33. AnimalTFDB v4.0 更新亮点

本次更新的亮点如下：

较AnimalTFDB 3.0新增86个物种

各种人类癌症和其他疾病中TF基因的变异（包括突变）

可预测8个物种的TF翻译后修饰位点（包括磷酸化、乙酰化、甲基化和泛素化位点）

TF在自噬中的调节作用

38个物种的全面TF表达注释

精确和批量搜索功能

44. AnimalTFDB v4.0 的Workflow

一张图总结AnimalTFDB v4.0 的Workflow: 👇

55. 获取转录因子/辅助因子列表

在AnimalTFDB v4.0中，我们可以通过两种方式获取转录因子/辅助因子的list，分别是通过TF Family和TF Species。🔍

5.1 通过TF Family获取List

1️⃣ 首先点击TF Family。

2️⃣ 这个时候你就可以按照你的需要以Family为单位选择 转录因子/辅助因子的list啦。😂

3️⃣ 举个栗子🌰

这里以RFX为例，选择了RFX后，会跳转至以下界面，包括该TF Family的介绍、在不同物种中的个数。🥳

4️⃣ 接着我们可以选择需要的物种，跳转至该家族的具体信息。🤗

5.2 通过TF Species获取List

1️⃣ 首先点击TF Species。🧐

2️⃣ 点进去以后按照物种选择list吧。🤒

3️⃣ 举个栗子🌰

这里我们以人为例，点进去之后可以看到各种TF Family的信息。🤩

4️⃣ 接着选择需要的TF famly，跳转至该家族的具体信息。🤗

以TF_bZIP为例，大家可以在这里下载aln格式的序列文件。（如果大家需要处理aln文件的教程，欢迎留言，需要的人多会再出教程）📍

66. 下载相关信息

1️⃣ 点击Download后就可以下载你需要的信息啦。🤨

2️⃣ 大家可以按需下载相关文件，下载后是.txt格式的文件，当然序列会是.fasta格式的。😂

我的个人习惯是将常用的数据本地化，存储成.rds的文件，方便操作。🤜

77. 引用数据库😉

🌟 如何引用：👇

Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907

最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

分类：

后端

标签：

后端

作者介绍

jamesbang

wx🔍: Grassssss 卷起来了