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Odin

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2022/12/31阅读:20主题:凝夜紫

如何高效追踪领域内最新研究文献,并且按照影响因子筛选?

微信公众号:[Computational Epigenetics]

关注生物信息学和计算表观遗传学。问题或建议,请公众号留言。

面对浩瀚的文献和压力山大的科研任务,如何才能事半功倍地追踪每天最新文献是每个科研者必须关注的问题。今天,我给大家分享一种高效快速的办法:就是 Pubmed 的订阅功能,并且可以按照期刊影响因子来筛选,比如关键词是 DNA methylation,筛选条件是影响因子大于 10。订阅后,pubmed会每天定时地把当天的最新论文发送到你的邮箱

1. 在 Journal Citation Reports 下载生物领域内的所有期刊影响因子表格。

网址链接:https://jcr-clarivate-com.proxy.library.upenn.edu/jcr/browse-journals (没有权限的小伙伴,或者如果不想看这部分,可以关注本公众号,在后代回复 Journal Citation Reports 即可直接免费获取这些 excel 表格)。 由于最多只能下载 600 条记录,所以我在这里筛选影响因子大于 10、5-10、3-5 的所有生物领域的期刊,分 3 次下载。

下载下来的 excel 表格是这样的:

接下来,我们进一步筛选期刊,比如,我这里只筛选与生物信息学相关并且影响因子大于 10 的期刊。大家也可以在本公众号后台获取到这些表格之后,自己按照需求筛选期刊。

2. 制作 Pubmed 检索条件

2.1 期刊(影响因子)筛选

经过上述筛选之后,我们已经获得了生物信息学相关并且影响因子大于 10 的期刊列表,我们接下来需要对期刊的 ISSN 列表进行处理(如果表格中的 ISSN 为 N/A 的话,可以自己去期刊官网查找复制 ISSN)。 如果能写代码的话,将 ISSN 这一列读入 R 或者 python 中,把换行符("\n")替换为" [jour] OR "即可。 如果不会写代码的话,可以将 ISSN 这一列从 excel 中选中复制,粘贴到一个在线网站(https://uutool.cn/txt-replace/)中,替换规则如下: 替换之后得到的文本,就是我们后面需要用到的 pubmed 检索条件之一(影响因子筛选),如果不想这么麻烦的话,可以直接复制粘贴下面的文本。

2210-6502 [jour] OR 0958-1669 [jour] OR 1674-7305 [jour] OR 2157-6904 [jour] OR 1449-2288 [jour] OR 0960-9822 [jour] OR 1474-9718 [jour] OR 0278-0062 [jour] OR 1057-7149 [jour] OR 0002-9297 [jour] OR 2405-4712 [jour] OR 1751-7362 [jour] OR 0304-419X [jour] OR 0006-3568 [jour] OR 0095-1137 [jour] OR 0168-9525 [jour] OR 1081-0706 [jour] OR 1350-9047 [jour] OR 1744-4292 [jour] OR 1021-7770 [jour] OR 0890-9369 [jour] OR 1525-0016 [jour] OR 0920-5691 [jour] OR 1534-5807 [jour] OR 1359-4184 [jour] OR 0261-4189 [jour] OR 0066-4197 [jour] OR 1361-8415 [jour] OR 1949-3045 [jour] OR 1467-5463 [jour] OR 0004-3702 [jour] OR 2162-237X [jour] OR 0968-0004 [jour] OR 2057-3995 [jour] OR 0163-7827 [jour] OR 0265-0568 [jour] OR 1756-994X [jour] OR 1471-4914 [jour] OR 1674-800X [jour] OR 1552-4450 [jour] OR 0098-2997 [jour] OR 1089-778X [jour] OR 2666-3791 [jour] OR 1754-2189 [jour] OR 1566-2535 [jour] OR 1474-760X [jour] OR 2397-334X [jour] OR 0305-1048 [jour] OR 1097-2765 [jour] OR 1946-6234 [jour] OR 0169-5347 [jour] OR 1058-4838 [jour] OR 0962-8924 [jour] OR 0162-8828 [jour] OR 1934-5909 [jour] OR 2522-5839 [jour] OR 1465-7392 [jour] OR 2157-846X [jour] OR 2058-5276 [jour] OR 1550-4131 [jour] OR 2056-5968 [jour] OR 2095-9907 [jour] OR 1535-6108 [jour] OR 1061-4036 [jour] OR 1476-4598 [jour] OR 1001-0602 [jour] OR 1548-7091 [jour] OR 1471-0056 [jour] OR 0092-8674 [jour] OR 1078-8956 [jour]

2.2.关键词检索

比如,我们想要追踪 DNA methylation 相关的最新论文,则可以添加 pubmed 的关键词检索:DNA methylation[Title/Abstract],意思是只要论文标题或者摘要中出现 DNA methylation,就把这篇论文搜索出来。然后将这个关键词检索条件和上述期刊筛选条件用 AND 链接起来,这就是我们最终的检索条件。

我们来举一个简单的例子,我们只想要检索 Nature Methods (ISSN 为 1548-7091)和 Nature Genetics(ISSN 为 1061-4036)这两个期刊中关于 DNA methylaiton 的论文,则只需要设置检索关键字:DNA methylation[Title/Abstract] AND (1548-7091 [jour] OR 1061-4036 [jour])。将此检索条件粘贴到 pubmed 的搜索框中并点击 search 即可。

如果需要从影响因子大于 10 的所有生物领域的期刊中检索关键词 DNA methylation 的话,完整的检索条件如下:

DNA methylation[Title/Abstract] AND (2210-6502 [jour] OR 0958-1669 [jour] OR 1674-7305 [jour] OR 2157-6904 [jour] OR 1449-2288 [jour] OR 0960-9822 [jour] OR 1474-9718 [jour] OR 0278-0062 [jour] OR 1057-7149 [jour] OR 0002-9297 [jour] OR 2405-4712 [jour] OR 1751-7362 [jour] OR 0304-419X [jour] OR 0006-3568 [jour] OR 0095-1137 [jour] OR 0168-9525 [jour] OR 1081-0706 [jour] OR 1350-9047 [jour] OR 1744-4292 [jour] OR 1021-7770 [jour] OR 0890-9369 [jour] OR 1525-0016 [jour] OR 0920-5691 [jour] OR 1534-5807 [jour] OR 1359-4184 [jour] OR 0261-4189 [jour] OR 0066-4197 [jour] OR 1361-8415 [jour] OR 1949-3045 [jour] OR 1467-5463 [jour] OR 0004-3702 [jour] OR 2162-237X [jour] OR 0968-0004 [jour] OR 2057-3995 [jour] OR 0163-7827 [jour] OR 0265-0568 [jour] OR 1756-994X [jour] OR 1471-4914 [jour] OR 1674-800X [jour] OR 1552-4450 [jour] OR 0098-2997 [jour] OR 1089-778X [jour] OR 2666-3791 [jour] OR 1754-2189 [jour] OR 1566-2535 [jour] OR 1474-760X [jour] OR 2397-334X [jour] OR 0305-1048 [jour] OR 1097-2765 [jour] OR 1946-6234 [jour] OR 0169-5347 [jour] OR 1058-4838 [jour] OR 0962-8924 [jour] OR 0162-8828 [jour] OR 1934-5909 [jour] OR 2522-5839 [jour] OR 1465-7392 [jour] OR 2157-846X [jour] OR 2058-5276 [jour] OR 1550-4131 [jour] OR 2056-5968 [jour] OR 2095-9907 [jour] OR 1535-6108 [jour] OR 1061-4036 [jour] OR 1476-4598 [jour] OR 1001-0602 [jour] OR 1548-7091 [jour] OR 1471-0056 [jour] OR 0092-8674 [jour] OR 1078-8956 [jour])

3. 邮箱订阅

最后一步,也是最关键的一步,就是先登陆 pubmed(如果没有账号,需要先创建账号),将完整的检索条件粘贴到搜索框中,出现搜索结果后。点击"Create alert",输入名字、邮箱地址,设置推送频率(每月、每周、每天),report format 这里,我选择 Abstract。

一切设置完毕之后,点击自己的账号下面的 Dashboard,就可以看到自己保存的搜索,也可以对保存的检索条件和邮件推送频率进行修改。 同理,我们还可设置影响因子介于 5-10 之间的生物信息学期刊。还可以用同样的方式检索 GEO DataSets 数据库,当有满足检索条件的新测序数据集出现时,也会收到邮件通知。最后从 Pubmed 收到的订阅邮件是这样的: 有了这种订阅方法之后,科研工作者就可以不用去每个期刊或者杂志集团的网站一个一个订阅了。每天打开邮箱,就可以看到自己感兴趣领域当天最新的论文啦。

希望这篇文章能对大家有帮助!扫描文末二维码或者搜索关注 Computational Epigenetics 公众号,后台回复 Journal Citation Reports 可获取生物医学领域所有期刊影响因子以及 ISSN。

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