写在最前

众所周知,随着生物信息的爆发式增长，生命科学研究不可避免地涉及大数据的处理与分析。身为临床医生/科研的常见小医生身份设定，也随之面临基础研究的信息处理技术更新的冲击。本着分享共同进步的基本理念，希望借由公众号的更新记录所学所知所用，也在这条披荆斩棘的路上认识更多朋友。

毕竟你学一个，我学一个，我们认识，于是我们就都会了两个，积少成多嘛。

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进入正题，秉着医学生效率为先的宗旨，重要的内容都会放在最前面，如果有感兴趣的内容，可以仔细阅读后面详细内容。

本章会用到的命令：

getwd()
[1] "C:/Users/eric_/Desktop/Note"

返回路径（绝对路径） 空白返回工作目录路径

本章思维导图：

什么是 R

• 1.是什么：编程语言
• 2.为什么

  • 数据处理
  • 统计
  • 可视化
• 3.怎么做

  • 数据处理
  • 统计
  • 可视化

什么是 Rstudio

​> 命令提示符，见到才能开始运行命令

组成：

• 脚本编辑器
• 控制台
• 环境&历史命令
• 文件&图片&帮助&包

字号设置

tool—global option——appearance

R studio 中新建 R project

file—New directory—New project—create R project

新建脚本

file—New file— R script【Ctrl+shift+N】

与 R 交互

交互式会话（session）：发送命令——执行并返回结果，session-New session

• 交互的两种方式

  • 控制台窗口
  • 脚本编辑器
• 运行

  • 逐行运行
  • 选中运行,Ctrl+enter

注释“#”，自动忽略#右侧内容

保存

生成（.R）文件，默认存于工作目录（.Rproj）文件旁边

打开

双击.Rproj——打开 R 脚本文件

几类交互命令相应

getwd()
[1] "C:/Users/eric\_/Desktop/Note"

路径

• 绝对路径 c:/users/jimmy/x.csv
• 相对路径../jimmy/x.csv
• 在工作目录下一级 jimmy/x.csv

R语言提示

• 报错：Error

  • 检查命令
  • 检查环境
  • 修正后重新运行

• Warning

  • 忽略，有报错或意外结果再检查

• '>' 没反应

  • 运行完成
  • 太长时间卡住——红色键重启

• '+'

  • 命令不完整，不全或有问题，补齐或退出

这个坑以后100%会遇见，然后会返回来查原因，为啥辛苦写的一段代码运行后没反应。

• 出现提示信息

  • 检查是否有Error
• 进一步选择

  • 需要回答，不能不理

笔记参考引用生信技能树小洁老师