医学生阿元练生信

V1

2023/05/08阅读:15主题:前端之巅同款

R-01.R语言入门

写在最前

众所周知,随着生物信息的爆发式增长,生命科学研究不可避免地涉及大数据的处理与分析。身为临床医生/科研的常见小医生身份设定,也随之面临基础研究的信息处理技术更新的冲击。本着分享共同进步的基本理念,希望借由公众号的更新记录所学所知所用,也在这条披荆斩棘的路上认识更多朋友。

毕竟你学一个,我学一个,我们认识,于是我们就都会了两个,积少成多嘛。


进入正题,秉着医学生效率为先的宗旨,重要的内容都会放在最前面,如果有感兴趣的内容,可以仔细阅读后面详细内容。

本章会用到的命令:

getwd()
[1"C:/Users/eric_/Desktop/Note"

返回路径(绝对路径) 空白返回工作目录路径

本章思维导图:

什么是 R

  • 1.是什么:编程语言
  • 2.为什么
    • 数据处理
    • 统计
    • 可视化
  • 3.怎么做
    • 数据处理
    • 统计
    • 可视化

什么是 Rstudio

​> 命令提示符,见到才能开始运行命令

组成:

  • 脚本编辑器
  • 控制台
  • 环境&历史命令
  • 文件&图片&帮助&包

字号设置

tool—global option——appearance

R studio 中新建 R project

file—New directory—New project—create R project

新建脚本

file—New file— R script【Ctrl+shift+N】

与 R 交互

交互式会话(session):发送命令——执行并返回结果,session-New session

  • 交互的两种方式
    • 控制台窗口
    • 脚本编辑器
  • 运行
    • 逐行运行
    • 选中运行,Ctrl+enter

注释“#”,自动忽略#右侧内容

保存

生成(.R)文件,默认存于工作目录(.Rproj)文件旁边

打开

双击.Rproj——打开 R 脚本文件

几类交互命令相应

getwd()
[1"C:/Users/eric\_/Desktop/Note"

路径

  • 绝对路径 c:/users/jimmy/x.csv
  • 相对路径../jimmy/x.csv
  • 在工作目录下一级 jimmy/x.csv

R语言提示

  • 报错:Error
    • 检查命令
    • 检查环境
    • 修正后重新运行
  • Warning
    • 忽略,有报错或意外结果再检查
  • '>' 没反应
    • 运行完成
    • 太长时间卡住——红色键重启
  • '+'
    • 命令不完整,不全或有问题,补齐或退出

这个坑以后100%会遇见,然后会返回来查原因,为啥辛苦写的一段代码运行后没反应。

  • 出现提示信息
    • 检查是否有Error
  • 进一步选择
    • 需要回答,不能不理

笔记参考引用生信技能树小洁老师

分类:

人工智能

标签:

数据挖掘

作者介绍

医学生阿元练生信
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