赵小强ZERO

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2022/06/15阅读:28主题:重影

单细胞转录组与Bulk转录组

bulk转录组

bulk:主体的,大部分的。在转录组层面理解,就是组织、器官层面主要的基因表达情况的分析。不能区分细胞类型,也就没有很高的分辨率。bulk转录组是所有细胞的一个转录组表达量的平均值,不能反映样品中所有细胞或者某群细胞的状态,因此需要对单个细胞的或者某群细胞的转录状态进行深入的研究。

单细胞转录组scRNA-seq

单细胞转录组,顾名思义,其可以研究单个细胞内的基因表达情况,同时解决用组织样本测序无法解决的细胞异质性难题,让解析单个细胞的行为、机制及其与机体的关系成为了现实。

常用平台

10xGenomics单细胞转录组基本流程如下图所示,我们最终得到的是一个表达矩阵,此矩阵一般每行为基因,每列为细胞。其实这个矩阵就是每个细胞所有的基因表达情况。
10X技术流程图

  1. 微流控得到单细胞
  2. 加标签裂解油包水
  3. DNA建库、质控、上机

下游分析

两种研究方法:一种是细胞类型的差异;另外一种是发育轨迹的构建

  1. 细胞分化轨迹分析示例图
  2. 细胞亚群鉴定示例图

实例

为了评估对糖尿病肾病相关SARS-CoV-2诱导的潜在转录变化,在4种生物条件下进行了单细胞RNA测序。在整合对照组与糖尿病感染组的条件以及统一流形近似和投影(UMAP)算法以可视化scRNA序列数据后,使用无监督聚类法分配肾脏类器官中的细胞类型。

研究结论:糖尿病环境增加人类肾脏类器官和患者细胞中ACE2的表达和细胞对SARS-CoV-2感染的易感性。

参考文献

  1. Garreta E, Prado P, Stanifer ML, et al. A diabetic milieu increases ACE2 expression and cellular susceptibility to SARS-CoV-2 infections in human kidney organoids and patient cells. Cell Metab. 2022 Jun 7;34(6):857-873.e9. PMID: 35561674.

分类:

其他

标签:

医学

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赵小强ZERO
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