
小杜的生信笔记
V1
2023/03/16阅读:11主题:全栈蓝
使用circlize包绘制和弦图
❝「是小杜好友的可以直接和小杜索要源代码和实例数据,我希望的是:交流(Communication)!!欢迎来扰!!不要客气,要不你的加友费浪费了哦!」
❞
在写这个教程是3月16号凌晨的5点钟,这个点还没睡的话,一是在外面玩,二是有事情。我是属于第二种情况,昨晚从下班6点后一直在办公室,点了个外卖,吃结束后差不多7点。然后,就一直在弄自己的事情,一直到凌晨4点半左右结束。在此期间,喝了两倍咖啡,果然还是有效果的。
本想结束后直接回去睡一会,但是一看时间到点了。回去也睡不着,那么一直到天亮吧。中午多睡一会即可。

「今天分享的教程是的:使用Circlize包绘制和弦图」
绘图
「今天的教程是绘制组内基因相关性的和弦图,也是非常的简单,第一次看到使用相关性来绘制circlize图。」
导入相关的包
library(circlize)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(cowplot)
library(reshape2)
library(like
制作数据
rA <- read.table(text =
"ADHD ASD CMD MD SLD CD ODD
ADHD1 1 0.67 0 0.9 0.07 0.66 0.66
ASD1 0.67 0 0 0 0 0.35 0
CMD1 0 0 0 0.33 0.66 0 0
MD1 0.9 0 0.33 0 0 0 0
SLD1 0.07 0 0.66 0 0 0 0
CD1 0.66 0.35 0 0 0 0 0
ODD1 0.66 0 0 0 0 0 0 ", header=T)
head(rA)
rownames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD",
"MD","SLD",
"CD","ODD")
colnames(rA) <- c("ADHD","ASD","COMD",
"MD","SLD",
"CD","ODD")
rA <- as.matrix(rA)

chordDiagramFromMatrix()函数绘图
chordDiagramFromMatrix(rA,
grid.col = c("#8ecae6","#219ebc","#023047","#ffb703",
"#fb8500","#c1121f","#cbf3f0"),
annotationTrack = c("name", "grid"),
#link.visible = rA,
symmetric = T,
transparency = .3)

更多的玩法,大家可以自己的去查询哦!!
ENDING!!
「往期文章:」 「1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)」
「2. 精美图形绘制教程」
「话说公众号需要标星,这样公众号的内容你才不会错过。那么,我们也动手标一下吧。」
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