R语言：核密度估计峰峦图

一、前言

峰峦图是核密度估计图的变种，主要用于展示多数据系列的核密度估计图。

1.1 示例文献

二、R包

本期使用的R包：

• tidyverse：万金油包；
• ggridges：绘制峰峦图；
• ggsci：提供绘图颜色;
• gWQS包：提供演示数据。

library(tidyverse)
library(ggridges)
library(ggsci)

三、演示数据

演示数据简介：gWQS包中有一个内置数据集，内置数据集的名称叫wqs_data，「wqs_data」数据集有「34种多环芳烃暴露数据」、25种邻苯二甲酸酯暴露数据和其他类型数据。

本期仅使用wqs_data数据集的「前5种多环芳烃暴露数据」和「性别」。

# PCBs name
PCBs_name <- c("LBX074LA","LBX099LA","LBX105LA","LBX118LA","LBX138LA")
# get the first 5 PCBs exposure data and sex
PCBs <- wqs_data[c(PCBs_name,"sex")]
# get PCBs' absolute value
PCBs[PCBs_name] <- abs(PCBs[PCBs_name])
# view PCBs data
head(PCBs)

四、R语言实现

# draw plot
ggplot()+
  # geometric layer
  geom_density_ridges_gradient(data=PCBs,mapping=aes(x=LBX074LA,y=sex,fill=sex))+
  # visual mapping
  scale_fill_manual(name="Sex",labels=c("Male","Female"),values=pal_npg("nrc")(10))+
  # coordinate adjustment
  scale_y_discrete(name="Sex",labels=c("Male","Female"))+
  # theme adjustment
  theme_light()+
  theme(axis.text=element_text(color="black"),
        legend.position="top",
        legend.direction="horizontal")

五、结果解读

NHANES数据库中多环芳烃的编码与对应名称。

编码	多环芳烃
LBX074LA	PCB74
LBX099LA	PCB99
LBX105LA	PCB105
LBX118LA	PCB118
LBX138LA	PCB138

PCB74在男性和女性尿液中的分布均属于右偏型分布。