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2023/01/26阅读:25主题:全栈蓝
R语言:核密度估计峰峦图

一、前言
峰峦图是核密度估计图的变种,主要用于展示多数据系列的核密度估计图。
1.1 示例文献


二、R包
本期使用的R包:
-
tidyverse:万金油包; -
ggridges:绘制峰峦图; -
ggsci:提供绘图颜色; -
gWQS包:提供演示数据。
library(tidyverse)
library(ggridges)
library(ggsci)
三、演示数据
演示数据简介:gWQS包中有一个内置数据集,内置数据集的名称叫wqs_data,「wqs_data」数据集有「34种多环芳烃暴露数据」、25种邻苯二甲酸酯暴露数据和其他类型数据。
本期仅使用wqs_data数据集的「前5种多环芳烃暴露数据」和「性别」。
# PCBs name
PCBs_name <- c("LBX074LA","LBX099LA","LBX105LA","LBX118LA","LBX138LA")
# get the first 5 PCBs exposure data and sex
PCBs <- wqs_data[c(PCBs_name,"sex")]
# get PCBs' absolute value
PCBs[PCBs_name] <- abs(PCBs[PCBs_name])
# view PCBs data
head(PCBs)

四、R语言实现
# draw plot
ggplot()+
# geometric layer
geom_density_ridges_gradient(data=PCBs,mapping=aes(x=LBX074LA,y=sex,fill=sex))+
# visual mapping
scale_fill_manual(name="Sex",labels=c("Male","Female"),values=pal_npg("nrc")(10))+
# coordinate adjustment
scale_y_discrete(name="Sex",labels=c("Male","Female"))+
# theme adjustment
theme_light()+
theme(axis.text=element_text(color="black"),
legend.position="top",
legend.direction="horizontal")

五、结果解读
NHANES数据库中多环芳烃的编码与对应名称。
编码 | 多环芳烃 |
---|---|
LBX074LA | PCB74 |
LBX099LA | PCB99 |
LBX105LA | PCB105 |
LBX118LA | PCB118 |
LBX138LA | PCB138 |
PCB74在男性和女性尿液中的分布均属于右偏型分布。
作者介绍

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