jamesbang

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2022/11/18阅读:115主题:雁栖湖

🤓 CellMarker 2.0 | 鼠标点一点就完成单细胞分析的完美工具~

1写在前面

本期我们介绍一下CellMarker 2.0上更新的6网页工具,主要是用于scRNA-seq数据的分析可视化。🥰

网址如下:👇

📍http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.html

2Single cell web tools 概览

作者通过搜索GEO(https://www.ncbi.nlm.nih. gov/geo/)数据库的scRNA-seq数据,整合了108scRNA-seq数据,38种疾病,1,467,748个细胞。🥳

6大功能:👇

  • Cell annotation
  • Cell clustering
  • Cell malignancy
  • Cell differentiation
  • Cell feature
  • Cell communication

3Cell annotation

1️⃣ 我们先看第一个工具吧。😚

大家可以通过选择物种组织输入基因来定义细胞类型,这里我们以人类血液为例,heatmap显示输入的基因出现在哪些细胞类型的marker中,以及这些细胞类型的得分。🥳


2️⃣ 这个Score的计算是这样得来的:👇

Note ! 其中A代表输入基因细胞类型iMarker基因的交集数,B表细胞类型iMarker基因的总数, 可以反映输入基因细胞类型i中的比例。🍎


3️⃣ 下载后的heatmap,直接就是发表级。😉

4Cell clustering

1️⃣ 在这里,大家可以对scRNA-seq数据进行聚类分析,并获得不同聚类之间的差异表达基因。👀

可调参数,Resolution聚类方法。😊

这些结果都提供了下载接口,大家请放心食用。🤒


2️⃣ 来看看有没有你研究的疾病吧!~😗


3️⃣ Cell cluster plot


4️⃣ Cell type plot


5️⃣ 差异基因

5Cell malignancy

Cell malignancy模块可以在不同的数据集中获得恶性肿瘤细胞的拷贝数变异CNV),基于InferCNV包。🤒

涉及的疾病还是挺多的,大家自取吧,也是支持高清大图下载的~😁



6Cell differentiation

Cell differentiation功能中,有三个模块,分别是:👇

  • Cluster the cells;
  • Cell trajectory;
  • Gene trajectory

6.1 Cluster the cells


6.2 Cell trajectory

细胞轨迹cell trajectory)分析,也叫拟时序pseudotime)分析,可以推断出发育过程中细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程。😘


6.3 Gene trajectory

Gene trajectory用于观察感兴趣的基因时间的表达变化。🤓


其实这个功能就是基于Monocle 3包实现的,具体的一些名词或者参数大家有兴趣可以去学习一下,不过东西还是挺多的。😢

7Cell feature

细心的小伙伴会发现,这个Cell featureCell clustering很像啊。🤣

Yes~, 但是这个功能可以看单个基因的表达。🫣



接着你可以下载你需要的数据。🤗

8Cell communication

最后是目前炙手可热细胞通讯Cell communication ),这个模块可以可视化细胞间的相互作用配体-受体平均表达量和配体-受体数量等。🤩


8.1 Interaction Network


8.2 Dotplot

Dotplot很大,这里就只展示一角了哈。😏


8.3 Heatmap


8.4 Heatmap [log]

为了Heatmap更好看,这里还提供了取log后的Heatmap。🥳

9引用数据库😉

🌟 如何引用:👇

Hu C, Li T, Xu Y, et al. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data [published online ahead of print, 2022 Oct 27]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac947. doi:10.1093/nar/gkac947


荷包蛋
最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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