黄思源

V1

2022/07/08阅读:12主题:全栈蓝

【空间&单细胞组学】第2期:联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态,并完善了CMS分型

这次的文献分享,dy讲解的文献标题为:联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态,并完善了CMS分型。 (Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies two epithelial tumor cell states and refines the consensus molecular classification of colorectal cancer)

我读第2遍的时候,才有点懂这篇文章的创新点,其实就是构思了一种新的分型。而且我觉得这种思路应该是可以运用到其他癌种的。

视频已同步到B站,大家可以移步B站学习(UP主:TOP菌)。


结直肠癌的CMS分型是基于bulk转录组的,很经典,不过潜在的上皮细胞多样性仍不清楚。作者整合分析了来自63个病人、189个样本、37万的单细胞数据,最终聚焦到了近5万的上皮细胞

tumor细胞内在的亚型
tumor细胞内在的亚型

随后,基于基因表达、拷贝数变异、基因调控网络等方面的差异,将肿瘤细胞分成了两组。这两种tumor细胞内在的亚型,在3,614的bulk样本中都能被验证,然后这些bulk样本被分型为iCMS2和iCMS3

iCMS3的病人中,又进一步分成了MSI-H(微卫星不稳定)和MSS(微卫星稳定)两组,而iCMS2中基本都是MSS的。传统CMS分型中的CMS4(基质特征明显的一组,在CMS的4个组中预后差)在iCMS2和iCMS3新的分型中都能看到,被划分到CMS4 and iCMS3的患者具有最差的预后。

作者结合上皮内在亚群(I)微卫星不稳定状态(M)成纤维特征(F)三个方面的信息,提出了"IMF"分型,将病人一共分为了5组,每一组特点如下:

总结
总结

文章很有借鉴意义,值得多读几遍~

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