jamesbang

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2022/11/16阅读:71主题:雁栖湖

🤩 CellMarker 2.0 | 细胞标志物数据库更新啦!~(附使用指南)

1写在前面

细胞标志物Cellmarker)可以用来定义、区别不同细胞。随着单细胞测序scRNA-seq)的普及(主要是便宜了📉),相关的研究也越来越多。🥳

在进行细胞注释的时候,我们也介绍过,其实最准确的方法并不是使用什么,而是使用手动注释。😘

本期就介绍一下这个由已知实验支持小鼠各器官中不同细胞类型标志物数据库,CellMarker 2.0。👀


🌟 这个数据库首次发布是在2019年,不到4年就更新了第二版,效率可见一斑呀,而且本次还添加了强大的网页工具功能。🤩(请左右滑动查看:👇)

2CellMarker 2.0 概述

一张图总结一下CellMarker 2.0数据库概况:👇

3CellMarker 2.0 更新亮点

本次更新的亮点如下:👇

  • 新增36300tissue-cell type-marker条目、474组织1901细胞类型4566marker;
  • 新增48测序技术分类的细胞marker,包括10×ChromiumSmart-seq2Drop-seq等;
  • 新增29种细胞Marker,包括蛋白编码基因,lncRNAprocessed pseudogene等;
  • 新增6网页工具,用于scRNA-seq数据的分析可视化

4组织器官查询Marker

1️⃣ 大家一登陆网站的话就是这个页面了👇,可以按组织器官进行Marker查找,本次我们以bone为例。🦴


2️⃣ 点击对应的组织器官图标就会出来包含的细胞类型啦,以Endothelial cell为例。🤒


3️⃣ 这里以词云的方式展示出Endothelial cell的常见Marker的,大家可以点击Excel或者csv下载文件,本地使用。😉


4️⃣ 还有就是一些结果来源,大家可以点击DETAIL进行查看。


5Marker search

1️⃣ 假设我们想看一下CD31在不同器官组织中的不同细胞的情况,可以在这里进行搜索🔍:👇



2️⃣ 再往下面继续看会有具体的Results,也是可以下载的,支持剪贴板ExcelcsvPDF。😗

6Quick search

1️⃣ 另外一个查找功能就是Quick search了,可以输入Cell name, Cell marker, Tissue type或者Tissue class。😚


2️⃣ 假设我们通过scRNA-seq发现了在某个细胞的特征基因PROM1,这里我们就可以输入PROM1进行查找。🔍


3️⃣ 提交后就是具体的信息啦,按需下载吧。🤩


4️⃣ 我们随便点开一个吧,看一下DETAIL。👀

有具体的Gene Symbol, Gene ID, Gene Name, Gene Type等等。🥰

我个人比较关注的是Marker Source,这个跟可信度就比较相关啦。😊


5️⃣ 这里数据库还提供了原文链接🔗,大家可以通过点击PMID跳转到原文。🥳


7下载数据

个人习惯,下载所有数据,整理成.rds文件,方便在R中使用。🥰

8引用数据库😉

🌟 如何引用:👇

Hu C, Li T, Xu Y, et al. CellMarker 2.0: an updated database of manually curated cell markers in human/mouse and web tools based on scRNA-seq data [published online ahead of print, 2022 Oct 27]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac947. doi:10.1093/nar/gkac947


竹筒饭
最后祝大家早日不卷!~

点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰

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